Церковь Святого Михаила представляет собой однонефную романо-готическую церковь, построенную в конце XIII или в начале XIV века. Она была возведена на фундаментах церкви периода раннего романизма, которая упоминается в указе об освящении кафедрального собора Святого Трифона в 1166 году.
Это подтверждают археологические и архитектурные работы, проводившиеся в восьмидесятых годах прошлого века. Тогда было установлено, что церковь построена на фундаментах церкви периода раннего романтизма, которая в свою очередь возводилась на фундаментах трёхнефной базилики VI века периода раннего христианства.
Фундаменты современной церкви соответствуют ширине предыдущего сооружения, но длина церкви немного короче, также она на несколько градусов отступает от направления старой церкви. Частично церковь построена из материалов старой церкви, что подтверждают и архитектурные исследования.
Церковь Святого Михаила представляет собой однонефное сводчатое сооружение с порталом с западной стороны и полукружной апсидой с восточной стороны. В середине XV века над входом была возведена колокольня с двумя колоколами. В архивных документах зафиксирован тот факт, что одна из главных улиц средневекового Котора проходила вдоль южной стороны церкви.
Во время упомянутых исследовательских работ была открыта большая часть фрагментов церковной каменной мебели, которая, в основном, принадлежала к дороманскому периоду. Речь идёт об обломках плит парапета, столбиков, частях алтарной перегородки, а также о фрагментах архитектурных украшений с характеристиками дороманского стиля.
Все фрагменты включены в постоянную экспозицию которского Лапидария.
На апсиде дороманской церкви, размеры которой немного больше размеров апсиды современной церкви, а высота составляет 70 см, сохранились фрагменты фресок с изображением нижних конечностей фигур святых.
Во внутренней части современной апсиды, в самом центре, расположена фреска, на которой изображён Христос Пантократор. Над ним находится изображение Воскресения (Христово воскресение). С правой стороны изображён Святой Трифон, защитник Котора, с макетом города в руке. На южной стене церкви находится повреждённая фреска, изображающая Святого Георгия.
Фрески написаны в середине XV века, а их авторство приписывается Ловру Добричевичу, жителю Котора, учившемуся в Венеции и являвшемуся одним из самых значительных готических художников этой части Адриатики.
В начале XIX века французские власти превратили церковь в склад для необходимостей своих войск. В тот период церковь была реконструирована, и наряду с другими изменениями была сооружена антресоль между этажами, замурованы первоначальные окна и пробиты новые, расширенные оконные отверстия. Тогда же был перемещён и церковный алтарь.
Церковь полностью санирована и возвращена в первобытное состояние в период с 1980 по 1989 год Муниципальным институтом по защите памятников культуры города Котор. С 2004 года в церкви Святого Михаила находится открытый для публики которский Лапидарий.