U podnožju brijega Sveti Ivan, u ulici što vodi od Sjevernih do Južnih vrata grada, nekada najvažnije arterije Kotora, iza apsida Katedrale, leži crkva sv. Pavla. Crkva je bila potpuno sakrivena visokim zidom, tako da je samo romanogotički portal ukazivao na postojanje značajne arhitekture iza tog bezličnog zidnog platna.
Crkvu svetog Pavla je kao svoju zadužbinu sagradio kotorski građanin Pavle Bari 1263. godine, kako svjedoči natpis na fasadi, koji pominje srpskog kralja Uroša I, papu Urbana IV i kotorskog biskupa Marka.
Uz crkvu je uspostavljen najprije muški, a od XVI vijeka ženski dominikanski samostan, u kome je okončala život 1565. godine zazidana u svojoj ćeliji kotorska svetiteljka, Blažena Ozana. Nešto ranije, jula 1539. godine, zloglasni turski kapudan-baša (admiral) Hayred’din Barbarosa je krenuo prema Kotoru. Turci su napali Sjeverna vrata, ali su bili dočekani žestokom vatrom topova. I kad se bitka za Kotor bližila svom vrhuncu, dominikanska redovnica Ozana izašla je iz svoje stroge klauzure na sjeverni bedem. Njena pojava donijela je neophodnu snagu i samopouzanje, pa je Barbarosa morao da naredi uzmak i isplovljenje iz Zaliva. Tako je mala kotorska dominikanka Ozana pobijedila zloglasnog gusara i sačuvala svoj Grad od tužne sudbine koja mu se spremala.
Kada je crkva u doba Napoleonove okupacije (1807-1814) bila pretvorena u kasarnu, unutrašnjost je bila međuspratnom konstrukcijom podijeljena na dva nivoa, tako da se potpuno izgubio osnovni karakter jedinstvenog crkvenog prostora. Za vrijeme italijanske okupacije u II svjetskom ratu pretvorena je u zatvor, a u vrijeme Informbiroa i sukoba Tita sa Staljinom 1948. godine, ovaj objekat je postao ženski, takozvani Mali zatvor.
Tokom radova na istraživanjima ove crkve pažljivom analizom utvrđeno je da je sadašnja stojeća građevina proširena u XVI vijeku, dok je od izvorne crkve iz XIII vijeka ostao sačuvan dio nekadašnje glavne zapadne fasade sa portalom i natpisom o gradnji i apsidalni luk bez apside u bočnim zidovima nove crkve. Temelji bočnih zidova stare crkve i ostatak kamenog poda u obliku dijagonalne šahovske ploče otkriveni su prilikom iskopavanja i prezentovani u unutrašnjosti crkve.
Iskopavanjima u uskom dvorištu između zapadnog zida crkve i visokog zida prema ulici, otkriveno je da se u crkvu XIII vijeka ulazilo sa nižeg nivoa sadašnje ulice dvokrakim stepeništem. Pod tim stepeništem bio je izgrađen arkosolij, u čijoj je niši uzidan kameni sarkofag, možda grob ktitora starije crkve.
Ova dragocjena građevina je revitalizovana i adaptirana kao jedinstveni izložbeni muzejski prostor za bogatu zbirku kamenih spomenika gradskog Lapidarija, odnosno, kao polivalentna dvorana za izložbe, koncerte, naučne skupove i slično.